UPDATE

mysqlのアップデートです。

[ebuild U ] app-cdr/cdrtools-2.01.01_alpha07 [2.01-r3] +unicode 1,407 kB
[ebuild U ] sys-devel/binutils-config-1.8-r7 [1.8-r6] 0 kB
[ebuild U ] dev-db/mysql-4.1.14-r1 [4.1.14] +berkdb -big-tables -cluster -debug -embedded -extraengine -minimal +perl -raid (-selinux) -srvdir +ssl -static 10 kB
[ebuild U ] dev-libs/cyrus-sasl-2.1.21-r2 [2.1.20] -authdaemond +berkdb +crypt +gdbm +java +kerberos +ldap +mysql -ntlm_unsupported_patch +pam +postgres -sample -srp +ssl -urandom 1,547 kB
[ebuild U ] sys-apps/coreutils-5.94-r1 [5.2.1-r7] -acl -build +nls (-selinux) -static 4,989 kB
[ebuild U ] sys-apps/util-linux-2.12r-r3 [2.12r-r2] +crypt +nls -old-crypt +perl (-selinux) -static 164 kB

※はまりました。mysql-4.1.14まではなんの変化も無かったのですがただリリースバージョンが上がっただけなのに文字化けです。
もともとMySQLの文字コードがlatin1で作成したのがいけないのか？
とりあえず備忘録をと！

バージョン情報
[ebuild R ] net-www/apache-2.0.55-r1 +apache2 -debug -doc +ldap -mpm-leader -mpm-peruser -mpm-prefork -mpm-threadpool -mpm-worker -no-suexec (-selinux) +ssl -static-modules -threads 0 kB
[ebuild R ] dev-php/php-4.4.0-r4 +X +berkdb +crypt +curl -debug -doc -fdftk -firebird -flash -freetds +gd -gd-external +gdbm +gmp* -hardenedphp +imap -informix +ipv6 +java +jpeg +kerberos +ldap -mcal -memlimit -mssql +mysql +ncurses +nls -oci8 +odbc +pam +png +postgres +readline -snmp +spell +ssl +tiff +truetype +xml2 -yaz 0 kB
[ebuild R ] dev-db/mysql-4.1.14-r1 +berkdb -big-tables -cluster -debug -embedded -extraengine -minimal +perl -raid (-selinux) -srvdir +ssl -static 0 kB

my.cnfの編集
character-sets-dir=latin1（全て）
[mysqld]
init-connect=set character set latin1（これ追加）

MySQLのユーザがスパーユーザ権限をもってるとinit-connectは無視されます。

関連情報
USEにlatin1が追加されている！