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今日現在のアップデート
[ebuild U ] dev-db/mysql-4.1.14 [4.0.25-r2] +berkdb -big-tables -cluster -debug -doc -extraengine -geometry -minimal +perl +readline (-selinux) +ssl -static +tcpd -utf8 0 kB
[ebuild U ] dev-perl/DBD-mysql-2.9007 [2.9003] 114 kB
[ebuild U ] net-misc/openssh-4.2_p1 [3.9_p1-r3] -X509 -chroot -hpn +ipv6 +kerberos +ldap -libedit +pam (-selinux) -sftplogging -skey -smartcard -static +tcpd 951 kB
[ebuild U ] sys-libs/pam-0.78-r3 [0.78-r2] +berkdb -nis -pam_chroot -pam_console -pam_timestamp -pwdb (-selinux) 85 kB
[ebuild U ] net-mail/fetchmail-6.2.5.2-r1 [6.2.5.2] -hesiod +ipv6 +kerberos +krb4 +nls +ssl 23 kB
[ebuild U ] dev-libs/libxslt-1.1.15 [1.1.14-r2] +crypt -debug +python -static 1,780 kB
[ebuild U ] net-www/mod_auth_mysql-3.0.0 [2.0.0_pre20030510] +apache2 18 kB

やっとmysql-4.1.14、DBD-mysql-2.9007、mod_auth_mysqlのバージョンアップを行います。

net-www/mod_auth_mysql-3.0.0にバージョンアップするとAuthMySQLMD5Passwordsなどのパスワード暗号化がうまく動きませんでした。とりあえずmod_auth_mysql-3.0.0はマスクしてバージョンアップしない。 一般的にemerge -u mysqlとする。しかし

* MySQL DATADIR is /extension/mysql
* Previous datadir found, it's YOUR job to change
* ownership and have care of it
* Sorry, plain up/downgrade between different version of MySQL is (still)
* un-supported.
* Some gentoo documentation on how to do it:
* http://www.gentoo.org/doc/en/mysql-upgrading.xml
* Also on the MySQL website:
* http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/en/upgrading-from-4-0.html
*
* You can also choose to preview some new MySQL 4.1 behaviour
* adding a section "[mysqld-4.0]" followed by the word "new"
* into /etc/mysql/my.cnf (you need a recent MySQL version)
*
* MySQL-dev-db/mysql-4.0 found, up/downgrade to "dev-db/mysql-4.1" is unsupported
* export MYSQL_STRAIGHT_UPGRADE=1 to force

!!! ERROR: dev-db/mysql-4.1.14 failed.
!!! Function pkg_setup, Line 123, Exitcode 0
!!! (no error message)
!!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message.

てなメッセージが出力されアップデートできない。バージョン4.0と4.1じゃ環境設定ファイルも違うからバージョンアップはよく検討するようにってことでしょうか。
でも環境変数にMYSQL_STRAIGHT_UPGRADE=1にして力わざで！フォースを信じて！なんて書いてませんが、まっすぐに to force

# export MYSQL_STRAIGHT_UPGRADE=1 しましょう。
そして再び！
# emerge -u mysql
ちょっと時間がかかります。

アップデートが終了しetcファイルの更新があるってんで

# etc-update
するとmy.cnfを更新してねって！とりあえずここでは-1してやめて。
# /etc/init.d/mysql stop でMySQLを止める。
再び
# etc-update して-5で更新しちゃう。

いよいよ4.1MySQLの起動です。

# /etc/init.d/mysql start
動いたかってんで
# mysql -u root -p
ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket 'ソケットファイル名' (111)
ってなメッセージ出て「動いてないじゃん」となることが多いかな！
なぜって調べると。
# cat /var/log/mysql/mysqld.err
InnoDB: Error: log file ./ib_logfile0 is of different size 0 8388608 bytes
InnoDB: than specified in the .cnf file 0 5242880 bytes!
051027 10:00:48 [ERROR] Can't init databases
051027 10:00:48 [ERROR] Aborting

051027 10:00:48 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete
なんてエラーが出ているのが多いかも！
これは会津弁で言うと「おめのib_logfile0ちゅーログァハイル。８メガあんのにー、どっどすいーねぬえふぉの中さかいであるのが５メガだべしたー、そんじぇはうごがせね！そーな」坊やよいこだねんえしな！
そこで
# vi /etc/mysql/my.cnf
innodb_log_file_size = 5M ← 8M
と修正！
# /etc/init.d/mysql zap で起動履歴消去
# /etc/init.d/mysql start
とまこれで動きますが、DB作り直したほうがいいのかどうか？
しばらく様子見ます。