UPDATE

今日現在のアップデート
[ebuild NS ] sys-kernel/gentoo-sources-2.6.13-r3 -build -doc -symlink (-ultra1) 37,672 kB
[ebuild U ] sys-libs/glibc-2.3.5-r2 [2.3.5-r1] -build -erandom -glibc-compat20 -glibc-omitfp -hardened -linuxthreads-tls (-multilib) +nls +nptl -nptlonly -pic -profile (-selinux) -userlocales 24 kB
[ebuild U ] sys-apps/portage-2.0.51.22-r3 [2.0.51.22-r2] -build (-selinux) 0 kB
[ebuild U ] sys-apps/shadow-4.0.7-r4 [4.0.7-r3] +nls -nousuid +pam (-selinux) -skey 0 kB
[ebuild U ] sys-apps/util-linux-2.12r [2.12q-r3] +crypt +nls -old-crypt +pam +perl (-selinux) -static 2,109 kB
[ebuild U ] gnome-base/gnome-vfs-2.10.1-r2 [2.10.1-r1] -debug -doc -gnutls -hal -howl +ipv6 +samba +ssl 0 kB
[ebuild U ] x11-themes/gtk-engines-2.6.5 [2.6.4-r2] -accessibility -debug -static 466 kB

portageをまずUPDATEします。続いてglibcで、そのたへ。
新しいkernelは最後に行います。